El exalcalde de Bogotá buscaba que su caso fuera tratado por la Jurisdicción Especial para la Paz.

Samuel Moreno, junto a su hermano Iván Moreno y a su madre María Eugenia Rojas, buscaban ser sometidos ante la JEP. Sin embargo, la decisión de la Sección de Apelación de la Jurisdicción Especial de Paz fue categórica. Rechazaron en segunda instancia el sometimiento del exalcalde de Bogotá Samuel Moreno Rojas, condenado por el carrusel de la contratación.

La decisión final tomada por la JEP se basó en ninguno de los delitos por los que fue sentenciado el exalcalde Moreno tiene relación con el conflicto armado.

Los magistrados de la JEP desestimaron la tesis de Moreno de presentarse como víctima de un complot político que se evidencia en "circunstancias que se relacionan con la confrontación armada que por más de 50 años ha vivido el país". 

 Los delitos cometidos por Moreno Rojas en la ciudad de Bogotá fueron motivados por intereses personales,  sin alguna intención de financiar a alguna de las partes confrontadas.